教育局指出，高中職改隸移撥經費，自105年8月至106年4月，已陸續與國教署召開5次協調會，大部分之經費已達共識，而未達共識項目中，主要是私校退撫基金與現職人員舊制年資等退撫經費，本項與國教署設算之經費短差約7億元。
教育局表示，經費差距7億元，勢將造成每年市庫極大之負擔，排擠現有教育預算，因此將與國教署持續爭取經費全數移撥，期改隸事宜係在確保國立高中職校務運作、資源及維護學生就學權益之前提下完成，俾南市統籌完善12年國教銜接規劃，促進教育發展。
據悉，目前臺南市轄內國私立高中職數量是6都之中最多，國立21校、私立21校，共有42校。現已升格之直轄市中，除臺北市原即管轄所屬學校無須辦理改隸外，新北市及台中市已完成改隸移轉事宜。
