儘管有其他5個國家宣稱擁有南海部分主權，北京仍然聲稱擁有幾乎全部南海主權。
印尼和中國並沒有海上島礁主權的爭議，不過，中國在南海聲稱海洋權益主張的範圍，與印尼在納土那群島(Natunas)的專屬經濟領域發生重疊。納土那是漁獲的重要區域。
今年6月，印尼總統佐科威(Joko Widodo)搭乘戰艦巡視納土那，向北京傳達強烈訊息，要求北京尊重印尼主權。
印尼海洋事務統籌部長盧胡特(Luhut Panjaitan)和日本外務大臣岸田文雄(Fumio Kishida)，今天在東京會晤，交換文件，啟動這項合作架構，其中包括海事安全與偏遠島嶼的經濟開發。
