高中課綱微調一度引發學生抗爭，中研院院長翁啟惠今天(12日)表示，課綱修訂程序應該依照規定，有些爭議可能來自於程序問題。至於有立委質疑，課綱微調事關重大，但課綱微調委員會卻沒有中研院台灣史究所的研究員加入，情何以堪？翁啟惠說，一開始有台灣史研究員加入，但不清楚後來為何沒有。
高中課綱修訂引發爭議，甚至一度引發學生占領教育部的抗爭行動，表達對黑箱課綱的不滿。對此，台聯立委賴振昌12日在立法院教育文化委員會，質詢中研院院長翁啟惠，身為最高學術機關首長，如何看待課綱微調爭議？翁啟惠答詢時表示，課綱微調爭議來自於程序，一切應該依照程序進行。翁啟惠說：『(原音)我是覺得程序、課綱修訂的程序一定要照規矩來，有一些爭議可能是這個問題。(立委：所以你認為程序也是有問題？)對。』
賴振昌也詢問翁啟惠鄭成功、施琅是否光復過台灣等諸多史觀問題，翁啟惠稱他不瞭解，改請中研院台灣史研究所長謝國興解答。謝國興說，教育和教科書寫的常與國家立場政策有關，以他個人學術看法而言，鄭成功來台前，台灣並非為明朝，因此不能說是光復，施琅則因當時明鄭間有戰爭，嚴謹的台灣史學界也沒人稱施琅光復台灣這種說法。
另外，民進黨立委黃國書與鄭麗君質詢時則關切，課綱微調事關重大，但為何沒有任何一位中研院台史所研究員擔任課綱委員會委員，有政治凌駕專業之嫌。翁啟惠說，就他的了解，他曾向教育部長吳思華推薦，一開始有台灣史的研究員加入，但不清楚後來為何沒有。
鄭麗君則認為，史觀的爭議需要社會對話，不該用政治操作、黑箱甚至敵對的方式，排除多元對話，希望未來回歸專業治理，也期盼台史所的老師廣泛參與社會對話；中研院台灣史研究所長謝國興則表示完全同意。
