年底開檢討會議 已注定跳票
包括ＥＣＦＡ在內，馬政府從○八年上任後，已和中國簽了十九項協議，但「食品安全」、「共同打擊犯罪」等協議常被點名「成效不彰」；「郵政」、「核安」等協議，更因內容無關痛癢，被譏為只是「湊數」的。至於最受馬政府吹捧的ＥＣＦＡ，簽署後，失業、出口等數據也全然不見馬聲稱的效益。
為化解各界質疑，二○一○年第六次江陳會宣布要定期舉行「兩岸協議成效與檢討會議」，但隔年六月於台北召開第一次會議後，就中斷迄今，海基會董事長林中森雖曾信心滿滿表示，今年底前將舉行第二次檢討會議，如今也已注定跳票。
民進黨立委陳其邁因此批評，馬政府簽署兩岸協議，不是為簽而簽、「用完即丟」，就是黑箱作業，犧牲人民權益，從簽署、審查到實行，都不夠制度化，立法院應儘速訂定「台灣與中國簽署條約及協議條例」，對兩岸協議徹底訂出規範。
馬政府不但對已簽署的協議無意檢討，在ＥＣＦＡ後續協議的簽署思考上，更遭在野批評是前後倒置，欠缺戰略思考。依照各國的談判模式，理應在簽署架構協議後，接著優先簽署爭端解決等協議，在相關協議都完備的前提下，才會進入服務貿易及貨品貿易協議的談判。
但馬政府未走這條路，ＥＣＦＡ簽署後，竟然是各路齊發，海陸兩會都聲稱哪項協議協商完成，就可先行簽署，引來外界批評絲毫未考量各個協議所代表的層次及佈局。
以服務貿易協議為例，陸委會及經濟部在未提供充分資訊，也未普查各行各業可能受到的衝擊下，就貿然簽署，粗暴行事的結果遭到各界指責，協議簽署已半年，但仍無法在國會實質審查。期間，馬政府還一度想以馬蘇辯論來轉移焦點，幸好因馬發動九月政爭而破局。
干預國會自主 侵犯民主原則
台灣守護民主平台協會會長徐偉群曾批評，服貿協議影響許多人的生計，理應讓國會及人民參與，「我們提過許多次的建議，馬政府就是相應不理」；沒有正當法律程序，就沒有正當服貿協議，馬政府簽訂這項協議，過程排除國會與相關產業參與，封鎖資訊並且剝奪國民發言權，是侵犯民主原則。
大塊文化董事長郝明義也曾評論說，服貿協議造成這麼多抗議，政府部門有太多漏洞要交代說明，「真正的戰場還是在立法院」，各界對國會審查都應嚴加把關。
