經濟部經貿談判辦公室副參事林祥鴻表示，臺日貿易互動往來密切，在雙方簽訂「臺日電子商務合作協議」後，臺日政府將共同致力弭平中小企業數位商品與服務交易上的障礙。未來，臺灣業者在智慧財產權及免除關稅等議題上，可與臺紐協定享有相同平等待遇；在日本銷售數位商品與服務時，能夠享有不低於日本本土與其他國家業者所享有的待遇，在平等的條件下，自由開拓日本市場。
林祥鴻強調，此協議促成臺日雙方均不對採用電子傳輸的數位商品課徵關稅，同時共同克服雙方中小企業進行數位商品交易的障礙，分享電子商務的法規及計畫資訊。雙方並鼓勵民間部門採行有助於發展數位商品交易的自律措施，同時在涉及詐欺行為的案件進行合作，保護消費者權益。
日本交流協會高雄事務所副所長山口幸文表示，日本交流協會與亞東關係協會於11月5日簽訂「臺日電子商務合作協議」後，台灣政府即積極辦理推廣研討會，是一效率極高的作法，他個人十分榮幸獲邀參與；未來，希望台日能更密切合作，共同促進兩國交流互動。
台灣網路暨電子商務產業發展協會(TIEA)協會秘書長吳小琳對於政府出面簽訂「臺日電子商務合作協議」，給予兩國數位內容流通一個合法地位，代表協會表達高度肯定之意。吳小琳並轉述該協會理事長詹宏志在台北場以「數位貿易與實體貿易」為題的專題演講中所言，數位內容在臺日兩國間已真實流通，特別是日本的漫畫電子書進入台灣市場已相當普遍，而臺灣的KKBox，也早已進入日本的音樂市場。
理論上，以亞馬遜、eBay的商業模式而言，國際交易平台已存在、支付工具也有了，國際物流也不缺，但數位貿易障礙依舊存在，是以政府出面簽訂「台日電子商務合作協議」，對於台日在電子商務的合作，具有實質的意義。
資策會產業情報研究所(MIC)資深分析師王義智指出，目前全球電子商務的潮流是從電子商務(E-Commerce)，邁向行動商務(M-Commerce)，並朝無所不在的商務(U-Commerce)前進，為消費者塑造隨時隨地都能購買所需產品或服務的優質個人化體驗。臺灣具有良好的電子商務市場發展經驗，但在進入中國市場時會遇上規模更為龐大的淘寶網和京東商城等當地領先廠商(Local King)，因此臺灣電子商務廠商可考慮往南向東協市場，或是往北向日本市場發展。臺日雙方在數位內容產業鏈上扮演互補角色，因此可協力一同發展中國大陸市場及東協市場商機。
微拓總經理陳鼎文分享日本電子商務市場的最新趨勢。他強調，各地消費者習慣不同，應回歸以消費者為中心的核心價值；陳鼎文以日本樂天與大陸阿里巴巴為例表示，樂天發行信用卡比銀行發行的信用卡規模還大，積極發展跨界消費留住客戶群；而阿里巴巴透過支付寶的授信機制，吸引消費者。由於日本信用卡市場成熟，因此消費者線上交易付款不常使用第三方支付工具。而大陸流行個人式買賣交易(C2C)，盛行議價方式，所以多半採用第三方支付。
已透過合作夥伴開拓日本市場的哈瑪星科技總經理林銓鋃表示，台商在進入日本市場前，須了解日商看重誠信及合作夥伴的企圖心。他建議，台商要先致力讓產品具有國際競爭力，聘請瞭解日本市場的日籍顧問，並多參加由政府和公協會所舉辦的台日交流活動。台商需建立起日本當地的合作通路與夥伴，聽取他們的建議進行產品訂價，以符合日本市場習性。
台日商務往來淵源已久，在雙方政府展開高度合作誠意、簽訂電子商務協議後，可望看到更多民間合作開花結果。
